История музея восходит ещё к 1782 году, когда по инициативе иркутского губернатора Ф.Н. Клички и стараниями талантливых учёных-натуралистов Э.Лаксмана и А.М. Карамышева при Главном народном училище Иркутска был создан первый в ВОстояной Сибири "Музеум", в котором предполагалось собирать все "естественные произведения здешнего края, имть модели разных земледельческих орудий, физические инструменты, модели судов, употреблявшихся на Охотском море и озере Байкал". В 1805 г. Главное народное училище было преобразовано в Иркутскую губернскую гимназию, в ведение котрой поступил музей. В 1840-х гг. коллекция музея перешла в музей при Главном управлении Восточной Сибири, в 1854 г. - в Восточно-Сибирский отдел Русского географического общества. В 1920 году музей переименован в Краеведческий.